今天教大家搭建无定型模型。无定型模型是与晶体模型相对的一个模型，模型里面的分子和原子分布没有明显的规律，所以称它为无定型模型。通常水溶液一些气体模型，一些无定型的固体结构，包括煤、活性炭以及一些无定型聚合物等，这都可以称为无定型模型。
在MS中AC模块可以帮助我们搭建无定型模型。我们以搭建氯化钠水溶液模型为例，通过建立单个水分子氯化钠，也就是钠离子跟氯离子的模型，然后进行AC模块计算。
·通常我们可以选用Compass，立场选择Construction，设置密度为1g/cm3是因为氯化钠水溶液在很多时候的研究是低浓度的，与水密度比较接近，密度设置为1g/cm3后选择构建无定型模型。
·在Composition这里输入分子数，我们这边输入5001010，就可以构建一个无定型模型。
·我们接着来看，AC模块中有一个优化我们不能选择的，因为AC模块是用蒙特卡洛法，该方法通常只能进行单核计算因此不能勾选。还有几何优化会使计算变得非常慢，这个限定仅限于可视化界面中，也可以通过一些脚本用非可视化界面，就可以进行多核并行运算。
·我们来看一下软件上的具体操作。首先我们建立水分子模型，自动加氢clean一下，然后建立，选择钠原子。
·这边说明一下这个离子的方式搭建，实际上离子在所有分子模拟软件中，包括Ms它其实不分区分离子原子，只在电荷上区分。我们可以对这个原子进行电荷上设置1，那么它就会认为这是钠离子。
·然后试试氯离子，同样的对于氯离子，我们可以将电荷设置为-1，这就是氯离子。
·然后再保持这几个模块，打开AC模块的Calculation，进行calculation，进行construction搭建。
·我们这边已经输入了一个是，我选择输入500，这个loading表示分子数，我可以自己定义，我们可以根据不同的浓度进行计算，500个水分子，10个钠离子跟10个氯离子，保持一个电荷的平衡。
·而这边实际上显示的建立后，模型的一个尺寸分25.2*25.2*25.2*25.2，密度设置为1g/cm。
·立场可以选择Compass立场，changes通常可以选择forcefield，也就是立场自动分配，可以点击run，它就开始进行计算，这边完成。
就可以看到氯化钠的溶液模型，分别就有10个氯离子变化为-1，500个水分子跟10个钠离子，这就可以跟后续进行进一步的建模，还有一些分析计算。
·刚才再回到AC模块儿界面，可以看到在options里面是没有勾选的，这个不能勾选，否则速度会非常慢，会各个优化各个原原子的位置。因为这进行是单核运算，速度会非常慢，极其不建议大家勾选这个。
因为AC建模本质上是通过蒙特卡洛法进行无定型的随机建模，结构并不一定合理，后续还需要进行退火，包括几何优化等等计算。此时优不优化各个原则位置对后续影响几乎没有，所以不建议大家勾选。
·密度可以根据需求进行添加，当然这边不一定，非常准确。包括氯化钠溶液实际上肯定是大于一的，可以设置一，后面通过分子动力学的NPT进行系统进行计算，它可以自动调整合理的密度。
·这边是输出的帧，刚才默认的是一帧，假设输出多帧，它就设出多的构型，比如输出10，输出2帧，输出5、5帧，输出5帧，结果会稍微慢一点，因为输出的帧数要多一些。
·趁着这个时间再说一下这个，实际上在construction模式里面可以选择各个一个，默认的是它自己跟，可以看到它其实是下面一个xtd文，可以看到它就产生了5帧，每一帧其实都是不一样的，但每一帧实际上都是氯化钠溶液，因为本身是随机构建，因此会产生很多构型才是正常现象。
当然对于这种水溶液模型，其实只要产生一帧，后续根据退火算法和动力学计算。就可以产生更多的合理结构。
这实际上它的核磁大小通过这个方式，核磁大小是自己确定的。如何定义一个自己要确定的核磁大小，还是选择AC模块儿？在construction里面有一个More，点击More可以看到在Cubic实际上是它会建立一个立方体盒子，所以abc三个盒子大小是确定的，根据水分子数量的密度来确定。
如果选择这个模式，a跟b就可以自己定义，c会根据密度进行计算，比如要建一个10*10，c是随便的一个格子就会根据密度进行计算。还有一个这个实际上c，c是可以自定义，比如建一个c为25的盒子，就产生一个ab，就自己生成。
刚才说了AC模块实际上是可以进行多核变形，但是在可视化界面操作中无法进行。如何进行脚本的调用？这边给大家介绍一个脚本，Ms支持Perl语言进行脚本编程，通过这个脚本可以实现Ms本身可视化界面中无法操作的一些问题。
可以看到脚本语言，相当于输入3个文件，3个xsd模型，然后调用AC模块进行construction，选择这个模型，然后进行loading的数量是500个，同样钠离子数量10个，氯离子数量10个，然后进行run，不进行几何优化，所以是no。
然后进行选择立场为compost进行charge，主要是forcefield进行，然后输出一个轨迹帧。绿色部分实际上是脚本的注释，把注释掉了，加氢后就会添加注释。这三行在Windows系统上是自己电脑上是不需要的，如果需要提交一个Linux系统上计算，去把几个脚本的注释符号给去掉，这是需要的，需要导入一个import模型才进行。
写完脚本之后，可以看到这个工具，在这就可以script job，然后可以看到这个就可以选和数了，比如说我选两个核，然后Run，它就会自己去根据计算这个脚本来进行调用一个模块进行计算。
查看AC perl的那个文件夹，可以看到，这已经生成了一个。今天强调要做这个脚本这个事情，也就是这个Ms完善的可视化界面，我们只需要通过鼠标跟键盘点击进行就可以完成。但是很多时候，它上面的鼠标不能完成很多操作，那么我们就需要通过脚本来进行深度的一个计算，包括我们后续的分子动力学计算中，常用也需要进行Perl编程。
所以说只要是涉及到计算部分，这个编程这块也是必不可少的。